Les substrats meubles sont dominants dans le Bassin : on passe du sable à l'extérieur, à la vase au fond (secteur Audenge-Arés) en passant par des fonds sablo-vaseux dans la zone intermédiaire. C'est dans les substrats sablo-vaseux, au sein des dépôts d'huîtres qu'on trouve la plus importante biodiversité.

Tout le monde connait les couteaux, coques, palourdes : ce sont des bivalves endobiontes (ils vivent dans le sable ou la vase ou les 2). Qui sait par contre qu'au bassin, des oursins vivent dans de tels milieux ? ou des crevettes comme la "Machotte" (petite crevette trés utilisé pour la pêche) ? Dans d'autres cas, la vie enfouie est synonyme d'abri et n'est que temporaire : ils sortent de leur refuge à marée haute (cas des crabes, araignées, nasses, anguilles, etc). La biomasse la plus importante est constituée par les vers (annélides) dont... 150 espèces sont présentes, puis par les bivalves (palourdes et surtout coques). Ces derniers font l'objet d'un important prélevement au Bassin. (550 T de palourdes japonaise et 200 T de coques en 2010).