L'identité végétale du bassin est caractérisée en grande partie par les zostères naines et marines. Les premières
recouvrent d'immenses étendues plutôt vaseuses de l'estran, les secondes colonisent plutôt la frontière entre la zone médio et infra-littorale, en bordure de chenaux, plutôt sur fond
sableux.
Ces 2 phanérogames (plantes à fleur) jouent un rôle primordial d'ingénieur des écosystèmes.
Le Bassin d’Arcachon abrite (ait ?) en effet le plus grand herbier à zostère d’Europe qui présente à la
fois un intérêt écologique et patrimonial, un intérêt paysager sous-marin, un intérêt économique (zones de reproduction et de nurseries) et scientifique (indicateurs de perturbation et
d’évolution du domaine côtier). Le déclin constaté depuis 2006 est donc très inquiétant, la superficie occupée ayant diminué drastiquement. Les causes sont encore mal
identifiées.
En dehors de ces zostères, quelques algues caractéristiques sont représentées, en toute modestie car mes connaissances en ce domaine sont fortement lacunaires.
Zostère marine
(Zostera marina) en bordure du chenal de l'Ile aux Oiseaux à marée basse.
Ces phanérogames abritent une grande biodiversité et notamment sont une zone de ponte privilégiée pour les seiches.
C’est aussi le refuge d'animaux benthiques tels les syngnathes (dont l’hippocampe) et d'araignées comme l'herbeuse et la faucheuse (macropode).
Zostère naine (zostera noltii) avec de nombreuses hydrobies. Ces plantes colonisaient en majorité le fond du bassin et formaient d'immense prairie, aujourd'hui très clairsemées. Contrairement à Z. marina, les noltii font partie de l'estran et ne subissent qu'un recouvrement partiel.